Російська православна церква (РПЦ) є державною церквою Росії, тому вона користується значними привілеями з боку держави ще з часів СРСР. З усіх державних інститутів СРСР лише РПЦ та деяким силовим відомствам вдалося у незмінному вигляді пережити розвал країни. Щоб відповісти на ці питання, необхідно звернутися до історії РПЦ від часу її створення. За легендою, що Сталін створив РПЦ у важкі роки Великої Вітчизняної війни у 1943 році, виходячи зі своїх певних внутрішніх переконань (колишнього семінариста), та необхідності згуртування громадян перед ворогом, незалежно від їх релігійних переконань. Але останнім часом відкриваються документи, які свідчать про інші реалії того часу. Як не дивно, але виявляється, що у створенні РПЦ саме у 1943р. росіяни повинні дякувати... американцям.
Що ж до особистих переконань Сталіна, то вони були цілком атеїстичними. Коли письменник Е. Людвіг запитував у Сталіна: «можливо, батьки вплинули те, що він став революціонером», той відповів: «Ні, мої батьки були неосвічені люди, але поводилися вони зі мною зовсім непогано. Інша справа — православна духовна семінарія, де я навчався тоді. З протесту проти знущального режиму та єзуїтських методів, які були в семінарії, я готовий був стати і справді став революціонером, прихильником марксизму, як справді революційного вчення».
Після смерті патріарха Тихона у 1925 році та ліквідації інституту патріаршества Радянська влада за допомогою репресій методично добивалася свого контролю над церковними кадрами Синоду – митрополитами. І вже у 1927 р. митрополит Сергій підписав «Декларацію», в якій вказувалосяь, що, залишаючись православними, необхідно пам'ятати обов'язок бути громадянами СРСР, радіти успіхам Батьківщини та засмучуватися її невдачам.
Вторгнення нацистської Німеччини в СРСР почалося 22 червня 1941г. І вже наступного дня американський президент Рузвельт повідомив Сталіна: «Свобода поклонятися Богові, як диктує совість – це велике та фундаментальне право всіх народів. Для США будь-які принципи та доктрини комуністичної диктатури настільки ж нетерпимі та чужі, як принципи та доктрини нацистської диктатури. Жодне нав'язане панування не може отримати і не отримає жодної підтримки з боку американського народу». З того часу Рузвельт користувався будь-якою можливістю наголосити на необхідності релігійної свободи в Радянському Союзі. Восени 1941 року, коли німецька армія підійшла до Москви і американець А.Гарріман разом з англійським лордом Бівербруком збиралися вилетіти до Москви, щоб узгодити програму можливих американо-англійських поставок до Радянського Союзу, Рузвельт скористався цією нагодою, щоб знову виступити на захист свободи віри СРСР. «Я вважаю, що це реальна можливість для Росії – внаслідок конфлікту, що виник, визнати у себе свободу релігії», – писав Рузвельт на початку вересня 1941 року. Він запропонував: «Якщо в найближчі кілька днів, не чекаючи прибуття Гаррімана до Москви, радянське керівництво санкціонує висвітлення в засобах масової інформації питань, що стосуються свободи релігії в країні, це могло б мати позитивний освітній ефект до надходження на розгляд Конгресу законопроекту про ленд-ліз».
Пообіцявши розширити релігійні свободи у СРСР, першим кроком Сталіна став випуск 1942г. книги «Правда про релігію в Росії», випущена якісним виданням у важкий воєнний час, яка здивувала багатьох людей у самому СРСР. Проте Захід мав не лише прочитати, а й почути про становище віруючих у Росії безпосередньо від ієрархів найбільшої у країні церкви. Тим чпсом продовольче забезпечення країни у 1943г. стало катастрофічним. Майже вся армія, а також значна частка цивільних громадян, зокрема працівників ключових військових заводів та номенклатури, перебували переважно на ленд-лізівському продовольчому забезпеченні тушонкою, олією, шоколадом тощо. Більше того, можна впевнено стверджувати, що з вичерпанням продрезервів на початку війни, у 1943—1945 роках сільське господарство СРСР, здебільшого розорене війною в окупованих житницях України, Північного Кавказу, Чорнозем'я, було не в змозі прогодувати багатомільйонну армію та цивільних. У 1943 році вибухнула найгостріша продовольча криза, коли і без того вкрай убогі норми видачі продовольства були негласно скорочені майже на третину.
На початку осені 1943 р. керівники країн антигітлерівської коаліції (США, Англії та СРСР) готувалися до першої зустрічі у Тегерані. На цю зустріч Сталін покладав великі надії, пов'язані з відкриттям Другого фронту та збільшення продовольчих поставок ленд-лізом. Керівництво Англіканської Церкви ще влітку 1943 висловило бажання відвідати Москву. Напередодні Тегеранської конференції подібний візит був доречним. Але для того, щоб він пройшов на найвищому рівні, краще було б організувати зустріч англіканської делегації не з місцеблюстителем, а з Патріархом. Знаючи, що конференція намічена на кінець листопада, треба було поспішати, щоби встигнути не лише «продемонструвати» Патріарха, а й отримати політичні дивіденди від цього «перегляду». Так, вересень 1943 р. став новою віхою церковно-державних відносин у СРСР. Але треба було поспішати. З серпня 1943 р. переговори між представниками НКДБ (Народний комісаріат державної безпеки) та Московської Патріархії велися досить інтенсивно. Тоді ж Сергію (Страгородському) дозволили повернутися до Москви з Ульяновська, де митрополит перебував в евакуації з кінця 1941 р. 4 вересня у столиці перебували також і митрополити Олексій (Симанський) та Микола (Ярушевич), який у 1942 р. Був включений до Надзвичайної комісії з виявлення та розслідування німецьких злочинів. Того дня Сталін перебував на своїй дачі в Кунцево, де обговорював церковні питання з Г.Маленковим та Л.Берією, а також із полковником держбезпеки Георгієм Карповим, який з 1940 р. очолював 3-й відділ 5-го управління НКВС (Народний комісаріат внутрішніх справ – попередник НКДБ). Цей відділ займався церковними справами у центральному апараті наркомату. Відразу після зустрічі зі Сталіним Карпов зателефонував митрополиту Сергію і повідомив йому, що уряд готовий прийняти ієрархів, коли вони захочуть: сьогодні, завтра чи будь-якого іншого дня. Очевидно, митрополит відповів, що вони згодні приїхати негайно. Пізно ввечері у Кремлі митрополити Сергій, Олексій та Микола зустрілися зі Сталіним. Митрополит Сергій порушив питання про обрання Патріарха, для чого, на його думку, необхідно було скликати Помісний Собор за місяць. Цей термін, очевидно, не відповідав планам Сталіна, і він запитав: «Чи не можна виявити більшовицькі темпи?» — поцікавившись думкою Карпова з цього приводу. Карпов відповів, що якщо допомогти митрополіту Сергію транспортом, надати літаки, то не Помісний, а Архієрейський Собор можна скликати через 3-4 дні. Зібраний більшовицькими темпами Архієрейський Собор вже 8 вересня 1943р. одноголосно обрав митрополита Московського та Коломенського Сергія патріархом Московським та всієї Русі.
Помісний собор Російської православної церкви 1945 року, на якому було обрано Московського патріарха Олексія I (Симанського), проходив під повним контролем НКДБ. Про це стало відомо із документів, які нещодавно розсекретила Служба безпеки України (СБУ). Документи виявив львівський історик Р.Скакун у 9-му фонді архіву СБУ у Києві. Фотокопії матеріалів Скакун надіслав російським колегам-історикам. У цих документах зокрема стверджується, що усі (!!!) делегати т.зв. Помісного Собору РПЦ 1945 року були завербовані НКДБ.
Із розсекречених документів випливає, що НКДБ СРСР та його підрозділи в союзних та автономних республіках, краях та областях займалися підбором кандидатів для участі у соборі з представників духовенства та мирян. З цією метою треба було намітити «осіб, які мають релігійний авторитет серед духовенства та віруючих і водночас перевірених на агентурній чи патріотичній роботі». «Важливо забезпечити, щоб серед намічених кандидатів переважали агенти НКДБ, здатні провести на Соборі потрібну нам лінію», — йдеться у листі, надісланому у вересні 1944 року на місця за підписом начальника 2-го управління НКДБ СРСР Федотова та керівника п'ятого відділу 2- го управління Карпова.
З відкриттям частини архівів Комітету державної безпеки (КДБ – нащадок НКДБ) після серпня 1991-го вперше з'явилися ясні докази того, що православна ієрархія повністю контролювалася радянською спецслужбою. Зі звіту священика Гліба Якуніна, члена Комісії Президії Верховної Ради Російської Федерації з розслідування причин та обставин ГКЧП: «Про масштаби злиття церковних та чекістських посад і завдань РПЦ та КДБ СРСР можна судити хоча б за такими матеріалами зі звітів, що зберігаються в Центральному архіві КДБ СРСР . У липні 1983 року „до Ванкувера (Канада) на VI Генеральну асамблею у складі релігійної делегації СРСР (120 осіб) направлено 47 (!) агентів КДБ з числа релігійних авторитетів, священнослужителів та технічного персоналу“ (Центральний архів КДБ СРСР). На той час із усіх ієрархів радянської РПЦ лише Литовський архієпископ Хризостом знайшов мужність відкрито підтвердити своє агентурне минуле під прізвиськом „Реставратор“. А ще агент КДБ з прізвиськом Араміс, який працював перекладачем у відділі зовнішніх церковних зносин Московської патріархії (у 1989-2009 роках цей відділ очолював нинішній Патріарх РПЦ Кирило (Гундяєв), вирішив покаятися на сторінках газети „Аргументи“. Він розповів, що майже всі співробітники відділу зовнішніх церковних зносин працювали чи на Московське управління КДБ, чи на союзний КДБ. Існує думка, що після розвалу СРСР деякі агенти КДБ у РПЦ вирішили, що вони можуть вже не слухатися своїх кураторів та проводити власну незалежну церковну політику. Але несподівана смерть патріарха РПЦ Алексія ІІ у 2008 р., яку багато хто вважає насильницькою, поставила все і всіх на місце.
У 2014 р. особливу роль у реалізації сценарію т.зв. „Руської весни“ зіграв український підрозділ РПЦ – Українська православна церква Московського патріархату. Так, за три тижні до початку операції із захоплення Криму, 30 січня, до Сімферополя під патронатом Російської православної церкви та патріарха Кирила з Афона привезли православну святиню – Дари Волхвів. Безпеку цінної реліквії християнського світу довірили охороняти Ігореві Гіркіну, більш відомому під псевдонімом Стрєлков. Фактично полковник Федеральної служби безпеки (ФСБ – нащадок КГБ) Гіркін, прикриваючись цією святинею, використав поїздку для проведення розвідувальної діяльності на території України, в Криму, та проводив зустрічі з нинішнім главою окупованого Криму Аксьоновим. Згодом виявилось, що Гіркін був майже постійним членом православних делегацій в Україні. Існує підтвердження, що він планомірно відвідував Південні та Східні єпархії УПЦ (МП). Фактично це можна розцінювати тепер як розвідувальну та підготовчу місію. У січні разом із Гіркіним у Криму висадився цілий десант російських політиків у складі делегації Дарів Волхвів. Серед них був російський мільярдер Малафєєв та депутат Держдуми від „Єдиної Росії“ Дмитро Саблін. Останній — один із керівників Всеросійської організації ветеранів „Бойове братство“, має чисельні відзнаки ФСБ. Згодом Гіркін сам зізнався, що в операції із захоплення Криму він взяв безпосередню участь вже 21 лютого 2014 р . Вочевидь, до складу кримської делегації РПЦ не можна було увійти без благословення патріарха Кирила. Після успішного завершення операції в Криму Гіркіна було перекинуто до Слов'янська. З 2014 року церкви і лаври УПЦ (МП) – структурного підрозділу РПЦ, використовуються для пропагандистської та підривної діяльності на користь Росії і часто як бази для диверсійних груп.
Різко негативне ставлення керівництва Росії до інших християнських конфесій, які не куруються її спецслужбами, досить промовисто виявляється у законодавчому визнанні Верховним судом Росії екстремістською організацією Церкви Свідків Єгови в Росії. У цьому зв'язку також можна згадати факт убивства п'ятдесятників у Слов'янську у 2014р. Тоді під час святкового богослужіння у церкві „Преображення Господнє“ у день Трійці бойовики т.зв. Російської православної армії затримали чотирьох членів цієї церкви, вивезли їх у невідомому напрямку та вбили.
Усі роки незалежності України РПЦ завжди різко негативно ставилася до прагнення українських вірян створити помісну УПЦ, незалежну від РПЦ. Максимум, на які поступки пішло РПЦ, це внесення у 2017 р. до статуту РПЦ уточнення, що юрисдикція Загальноцерковного суду поширюється на всю Російську церкву, крім УПЦ МП. Таким чином, РПЦ, яка складається з агентів ФСБ, продовжує керувати своїм українським підрозділом — УПЦ Московського патріархату.