Костянтин Козак: Епідемія кору під мікроскопом статистики.

Передмова.

Епідемія кору перекинулась з просторів українських степів на терени українських інтернетів та розгорілась з новою силою. В пожежі полум'я люди намагаються визначити, як боротись з епідемією і чи допомагає в боротьбі вакцинація.

В якості доказу ефективності вакцини проти кору, наприклад, наводять роботу "Measles Outbreak in South Africa: Epidemiology of Laboratory-Confirmed Measles Cases and Assessment of Intervention, 2009–2011" (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3577838/).

Я пропоную заглянути всередину цієї роботи та подумати, наскільки її висновкам можна довіряти.

У своєму попередньому дописі я коротко описав, яким має бути науковий експеримент, щоб його результатам можна було довіряти (можна проглянути тут). Додам ще трохи інформації саме про епідемії.

У згаданому дослідженні аналізується вплив вакцинації на перебіг епідемії. Але чи є це єдиним фактором, що впливає на епідемії? Ні. Є й інші. Зокрема.

1. Природній імунітет. На початку епідемії хворобі піддаються люди зі слабким (чи ослабленим) імунітетом взагалі, з відсутнім імунітетом саме до цієї хвороби, або люди з послабленим здоров'ям. Епідемія спалахує та розповсюджується далі й далі. Але після того, як найслабші перехворіли, швидкість розповсюдження зменшується. Чим більше людей перехворіє, тим більше людей набуває імунітету до цієї хвороби — тим повільніше вона розповсюджується і в решті решт епідемія сама стихає. Аж до наступного спалаху.

2. Санітарні заходи. У 21-ому сторіччі більшість людей вже знає, що інфекційна хвороба — це не кара божа і не магія вуду. У хвороби є збудник та шляхи розповсюдження. Тому при епідемії люди мають змогу мінімізувати шанси для захворювання. Вони уникають натовпів, зайвих контактів, переміщень. Приділяють більше уваги гігієні та антисептикам. Таким чином просто розповсюдження інформації про епідемію та рекомендацій щодо поведінки — вже впливає на її перебіг.

3. Сезонні явища. В різні пори року населення може переміщатись країною більш або менш активно (трудова міграція, відпочинок тощо). В різні пори року збудники захворювань можуть мати різну активність. В різні пори року імунітет може бути сильніше або слабше.

Як бачите, на перебіг епідемій впливає не лише вакцинація, але й інші фактори. І якщо ми хочемо дослідити вплив саме вакцинації, то нам треба виключити вплив інших факторів. Давайте подивимось, як справлялись з цим завданням автори дослідження.

1. Введення.

Цитати.

"In South Africa, routine measles vaccination at nine months of age was introduced in 1975; and a second routine vaccination dose at 18 months of age was added in 1995 . In addition, supplemental vaccination campaigns were conducted every four years between 1996 and 2004 and then every 3 years since 2004 (due to suboptimal routine coverage, high drop-out rate between the 1st and 2nd doses and suboptimal campaign coverage in 2004), with coverage ranging from 77% to 93%"

Щеплення від кору в ПАР почали робити у 1975. У 1995 додали другу дозу вакцини. З 1996 – додали періодичні (3-4 роки) кампанії вакцинації з охопленням 77-93 відсотки.

However, a large measles outbreak occurred between July 2003 and November 2005 involving 1,676 laboratory-confirmed case-patients in five provinces with sporadic cases in four other provinces of South Africa. According to the manuscript authors, the likely cause of this outbreak was failure to achieve adequate vaccination coverage.

Тим не менше, сильний спалах кору був зафіксований у 2003-2005 роках. Найвірогіднішою причиною спалаху вважають недостатній рівень охоплення вакциною.

Отже що? Тридцять років вакцинували, вакцинували... Але недостатньо? Давайте заліземо на офіційний сайт ВОЗ (http://www.who.int/) та подивимось, що взагалі відбувалось у ПАР.

Починаючи з 1989 року охоплення стабільно знаходиться вище 75% (за двома виключеннями). Тим не менше рівень захворюваності суттєво впав аж у 1997 році (майже через десять років).

У 1998-99 роках охоплення перевалило за 80% (до того ж вже було введене додаткове щеплення), але у 2000 бачимо спалах захворювання. У 2008-2009 охоплення сягнуло 90%, але у кінці 2009 року спалахує епідемія. Чи є взагалі зв'язок між охопленням та рівнем захворювання?

Порахуємо, наприклад, кореляцію між рівнем захворюваності та охопленням однією та двома вакцинами за період 2000-2016. Отримуємо відповідно -0.02 та 0.1. Тобто кореляція відсутня.

Зверніть також увагу на те, що кір має своєрідну періодичність (це не тільки у ПАР спостерігається). Спалахи були у 1980, 1983-5, 1987, 1989, 1992, 1995, 2001-3, 2004-5, 2009-10.

Це також треба брати до уваги при аналізі.

2. Мухи та котлети Слони й апельсини.

Цитати.

"To estimate the impact of the nationwide vaccination campaign, we calculated the following for the 7 months pre- and 7 months post-vaccination campaign periods in seven of the nine provinces"
"Pre-campaign group – specimens collected up to seven months before the campaign period 1 September 2009 to 11 April 2010 (N = 7,084)."
"Post-campaign group – specimens collected up to seven months after the campaign was completed 24 May 2010 to 31 December 2010 (N = 1,371)."

Висновки було зроблено, базуючись на даних, зібраних до кампанії (з першого вересня 2009 по одинадцяте квітня 2010) та після кампанії (з 24-го травня по 31-у грудня 2010).

Ніякі інші аспекти не було прийнято до уваги. Періодичність кору — проігнорована. Властивість епідемій затухати самостійно — проігноровано (про це лише згадується один раз мимохідь). Санітарні заходи — проігноровано. Те, що вони порівнюють два різних сезони (пори року) — проігноровано.

Будь-який вчений (справжній вчений) вам підтвердить, що «після» — не обов'язково означає «внаслідок». Тим не менше автори даного дослідження роблять саме такий примітивний крок: після кампанії = внаслідок кампанії.

Чи можна довіряти результатам цього «дослідження»? Я так не вважаю.

3. А судді калькулятор хто?

Дослідники не наводять вихідні дані та не описують формули, методи за допомогою яких вони ці дані обробляли. Вони надають лише результат. Перевірити розрахунки, результати обчислень, похибки — неможливо.

А перевірити — дуже хотілося б. Я уже показував, як відверто погано можуть володіти математикою вчені-медики (ознайомитись можна тут).

4. Нічого не бачу, нічого не чую, нічого не скажу.

Цитата.

"Gauteng Province was excluded from the assessment as outbreak-response vaccination campaigns were conducted in 2009. Western Cape Province was also excluded as routine measles testing was stopped for a period of 12 weeks surrounding the nationwide vaccination campaign."

Gauteng було виключено з дослідження, бо... у 2009 там була проведена кампанія по вакцинації!

Особливо цікаво тут ось що.

"In late 2009, a stepped increase in measles cases was noted in Gauteng Province and, despite a provincial vaccination campaign in October, 2009, the National Institute of Communicable Diseases reported 12 277 cases countrywide by April 28, 2010."

Епідемія, власне, розпочалася з Gauteng. З провінції, яка щойно пройшла через кампанію вакцинації. Якщо вже пани вчені вважають, що «після» — означає «внаслідок» (після вакцинації епідемія пішла на спад, отже вакцинація була причиною спаду), то могли б прийти до висновку, що епідемія розпочалася внаслідок вакцинної кампанії?

Та й, наче, було б цікаво включити в дослідження провінцію, звідки все почалося і де більше всього захворювань було? До речі… А що там було з вакцинацією у тому Gauteng? В роботі "What is the South African Immunisation coverage?" (Vaccinology, Hermanus 15 – 17 October 2012) знаходжу такий графік. (Це адміністративні дані, в яких рівень може перевищувати 100%, якщо на вакцинованих припадає кількість вакцин більша, ніж, власне, кількість вакцинованих.)

Епідемія почалася з провінції з найвищим рівнем вакцинації. І дві провінції з найвищим рівнем вакцинації були виключені з дослідження. Western Cape виключили, бо лабораторія не робила аналізи з березня по травень.

Цікаво, що у 2008 у Gauteng був найвищий рівень вакцинації серед провінцій, у 2009 ще й провели кампанію по вакцинації і раптом... там починається епідемія.

Цитата.

"In addition, unvaccinated persons may have benefited from the indirect effect of vaccination in the target age group and the two provinces with the highest numbers of cases were excluded from the analysis. In addition the campaign in Gauteng could have reduced case numbers in neighbouring provinces. Numbers of reported cases were decreasing in some provinces at the time the campaign was conducted, thus some of the reductions could have been due to the epidemic burning out."

Невакциновані персони можуть отримати вигоду від вакцинації (через непрямий ефект) і дві провінції з найбільшою кількістю захворювань були виключені з аналізу. До того ж кампанія в Guateng могла зменшити кількість захворювать у сусідніх провінціях. Рівень захворювання в деяких провінціях вже знижувався під час кампанії, але це могло бути наслідком природного затухання епідемії.

Стоп. Що це?? Хіба це науковий підхід? Мета дослідження — оцінити вплив вакцинної інтервенції на епідемію. Але пани вчені роблять висновки ще до того, як дослідження зроблене: інтервенція апріорі ефективна — але ж невакциновані теж можуть хворіти менше через вакцинацію — виключимо з аналізу провінції, де хворіли багато — тепер вже можна аналіз робити.

Тут немає жодної логіки. Це не наука — це якесь псевдонаучне шарлатанство.

Взагалі виходить, що з аналізу було виключено вже чотири провінції (при чому — ті, які найбільш постраждали)? Що вони там аналізували?

І яким чином у головах учених уживається той факт, що епідемія розпочалася з Gauteng, із твердженням, що кампанія-2009 в Gauteng могла сприяти зниженню захворювання у сусідніх провінціях?

Погано, що дослідники не наводять вихідні дані. Але можна дещо знайти на сайті http://www.hst.org.za/healthindicators та http://www.nicd.ac.za/index.php/publications/communicable-diseases-surveillance-bulletin/archives/.

Наприклад, дані кількості захворювань по провінціям.