«Як пише BBC, за допомогою кріоелектронної мікроскопії спеціалісти вирішили простежити за аденовірусом, який вакцина від AstraZeneca використовує для доставки генетичного матеріалу коронавірусу в клітини. Вони з'ясували, що поверхня аденовірусу, наче магніт, притягує специфічний білок крові, відомий як фактор тромбоцитів 4 (PF4). Цей білок – маленька молекула. Він відповідає за згортання крові. Врешті організм починає атакувати PF4, оскільки сприймає його за частину чужорідного аденовірусу, до якого білок „прилип“. Таким чином, у кров виділяються антитіла, які злипаються з PF4 та викликають утворення згустків крові.»
Fig. 6. PF4 binds to ChAdOx1 in the interhexon spaces more frequently than it binds to Ad26.
BD simulations of PF4 in solution with the facet show the locations at which PF4 makes contact with the facet (red spots) of ChAdOx1 (A) and Ad26 (B), showing that the most common interaction locus is the space between three hexons, where the PF4 (purple) is observed to sink into the space between hexons exposing electropositive regions to the electronegative hexons (C). Analysis of PF4-binding events shows that PF4 always forms contacts with ChAdOx1 oriented with its longest axis most normal to the plane of the hexon (D). Certain hexon residues are more commonly involved in the PF4 interaction (E), red residues interact >50% of the time, magenta residues interact >20%, and blue residues interact 20-1%. All these residues are within the HVR loops (green cartoon). These residues are underlined in the sequence alignment with Ad26 and Ad5 contained in the green boxes indicating the HVR sequences (F). Charge map coloring is the same as in Fig. 5.
